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Han pasado quince años desde que Selene y su amante Michael, híbrido entre humano y licántropo, derrotaron al vampiro mayor Marcus en Underworld Evolution. En esos años la humanidad ha descubierto la existencia del clan de los vampiros y del de los licántropos, de modo que ha empezado una lucha encarnizada para erradicar ambas especies. Selene, capturada durante el genocidio, se despierta después de más de una década y se da cuenta de que se encuentra cautiva en un laboratorio herméticamente cerrado en Antigen, una poderosa corporación biotecnológica que se dedica a desarrollar una vacuna contra los virus que han creado a vampiros y a licántropos.